10月22日起，生态环境部、住房城乡建设部将联合开展2018年城市黑臭水体整治专项巡查，重点对全国36个重点城市（直辖市、省会城市、计划单列市）及上次督查时进展缓慢的一些城市进行专项巡查。这是继今年5-7月全国城市黑臭水体整治专项排查整改后的首次“回头看”，本次巡查行动共分15个组，将持续至11月2日结束。生态环境部表示，本次巡查坚持问题导向，紧盯问题整改，按照“拉条挂账、逐个销号”要求，逐河巡查。凡是出现黑臭现象反弹，群众有意见的，经核实重新列入黑臭水体清单，继续督促整治。对核查或群众举报新发现的黑臭水体，也将及时纳入国家清单，实现黑臭水体整治监管常态化。与此同时，还将查交办地方及群众反映集中的问题整改落实情况，查已完成整治黑臭水体具体措施情况以及查黑臭水体整治整体推进带动情况。值得注意的是，在此次巡查期间，地方未上报的核查组新发现黑臭水体，均按瞒报处理。下一步两部委将继续紧盯36个重点城市，每月都会对进展滞后的城市开展检查，确保实现年度目标。生态环境部水生态环境司副巡视员郭鹏对经济观察网坦言，今后黑臭水体治理仍是一场时间紧、任务重的攻坚战，各地要继续下大气力。目前，尚未完成整治的黑臭水体多数是难度较大、需投资较多、费时较长的“硬骨头”。他介绍称，今年5-7月生态环境部联合住建部对30个省份70个城市黑臭水体整治情况进行了专项督查，发现各地上报已完成整治的993个黑臭水体中仍有75个水体尚未消除黑臭，并新发现黑臭水体274个，督查组将未完成整治和新发现的黑臭水体一并纳入重点督查整改范围。此外，督查还发现，部分城市在整治中存在急功近利、表面整改等问题，即为短期见效做表面文章，采取临时大水冲淤、单纯投药剂等措施。而本次专项巡查则要求，各地尤其是36个重点城市对黑臭水体整治要力戒形式主义，坚持标本兼治，务求取得群众满意的效果。督促各地建立长效机制，坚决遏制黑臭反弹。生态环境部将在此次专项巡查中统一设置5部专门核查举报电话，专人受理举报信息，并纳入现场信息核实清单。同时，发挥“天地一体化”立体综合监控手段，运用遥感等“天眼”监控手段、地面巡测及探索试用无人机和水下探测仪对重点城市建成区黑臭水体治理情况和水下非法排污口监控。还将继续利用“城市水环境公众参与”微信公众号，鼓励公众及时在线举报。
10月15日，住建部和生态环境部联合发布《城市黑臭水体治理攻坚战实施方案》（下称《方案》），这是印发的首个涉水攻坚战实施方案，明确了具体时间表和路线图。2018-2020年，生态环境部将会同住建部每年开展一次地级及以上城市黑臭水体整治环境保护专项行动。上述《方案》明确了总体任务目标，即到2018年底，直辖市、省会城市、计划单列市建成区黑臭水体消除比例高于90%，基本实现长制久清；到2019年底，其他地级城市建成区黑臭水体消除比例显著提高，到2020年底达90%以上。生态环境部表示，本轮巡查结束后，将对问题突出、治理滞后的相关地方政府进行约谈；对问题特别突出、治理任务严重滞后的城市派驻工作组，确保今年36个重点城市达到《水十条》和《方案》中明确的“建成区黑臭水体消除比例高于90％”的目标。